توضیحات
فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته
۱-۱ زیست فناوری
۲-۱ بیوانفورماتیک و نقش آن در زیستفناوری
۱-۲-۱ پایگاهداده
۱-۱-۲-۱ جایگاه Expasy
۲-۱-۲-۱ پایگاهداده Swiss-Prot
۳-۱-۲-۱- پایگاهدادهProsite یا پایگاهداده موتیفها
۳-۱ کاربرد بیوانفورماتیک در پیشگویی ساختار پروتئین
۱-۳-۱ پیشگویی ساختار دوم پروتئینها
۲-۳-۱ پیشگویی ساختار سوم پروتئینها
۴-۱ نمایش ساختار پروتئین
۵-۱ مقایسه ساختار سوم پروتئینها
۶-۱ فلزات سنگین و اثرات زیستمحیطی آنها
۷-۱ منابع تولید کننده آلودگیهای فلزات سنگین
۸-۱ کادمیوم
۹-۱ حذف فلزات سنگین از محیطزیست
۱-۹-۱ روشهای فیزیکوشیمیائی
۱-۱-۹-۱ روش اسمز معکوس
۲-۱-۹-۱ روش دیالیز الکتریکی
۳-۱-۹-۱ روش اولترا فیلتراسیون
۴-۱-۹-۱ تبادل یونی
۵-۱-۹-۱ رسوبدهی شیمیایی
۲-۹-۱ روشهای پاکسازی زیستی
۱-۲-۹-۱ پاکسازی گیاهی
۲-۲-۹-۱ جذب زیستی
۱-۲-۲-۹-۱ سازکارهای جذب زیستی
۱-۱-۲-۲-۹-۱ فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی
۱-۱-۱-۲-۲-۹-۱ جذب الکتریکی
۲-۱-۱-۲-۲-۹-۱ جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس
۳-۱-۱-۲-۲-۹-۱ جذب شیمیایی
۲-۱-۲-۲-۹-۱ رسوب وتجمع داخل سلولی
۱-۲-۱-۲-۲-۹-۱ متیلهکردن فلز
۲-۲-۱-۲-۲-۹-۱ سولفوره کردن
۳-۲-۱-۲-۲-۹-۱ رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم
۱۰-۱ سازکارهای ورود فلزات سنگین به ریزسازوارهها
۱۱-۱ پروتئینها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین
۱۲-۱ نمایش سطحی باکتریایی
۱-۱۲-۱ نمایشسطحی در باکتریهای گرممنفی
۲-۱۲-۱ نمایش پروتئینهای هترولوگ در باکتریهای گرم مثبت
۱۳-۱ افزایش جذبزیستی فلزات سنگین در باکتریهای گرم منفی با روشهای مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایشسطحی
۱۴-۱ سازکار تشکیل پیلی باکتریایی
۱-۱۴-۱ پیلیهای باکتریایی و پیلی CS3
۱-۱-۱۴-۱ سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst
۲-۱-۱۴-۱ تنظیم بیان CS3
۱۵-۱ اهداف تحقیق
فصل دوم: مواد و روشها
۱-۲ بررسیهای بیوانفورماتیکی
۱-۱-۲ پایگاههایداده و برنامههای بیوانفورماتیکی
۲-۱-۲ ساختار پروتئین و روشهای پیشگویی عملکرد
۱-۱-۲-۱-۲ جستجوی (شباهت) در پایگاهداده توالی
۱-۱-۲-۱-۲ جستجوی (شباهت) در پایگاهداده توالی
۳-۱-۲ روشهای آنالیز ساختار اول
۴-۱-۲ روشها و برنامهی پیشگویی ساختار و عملکرد پروتئین
۵-۱-۲ ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی
۲-۲ روشهای بیوانفورماتیکی
۱-۲-۲ پیشگویی ساختار دوم
۲-۲-۲ پیشگویی ساختار سوم پروتئینها و مدلسازی
۱-۲-۲-۲ جستجوی توالیهای مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاهداده PDB
۲-۲-۲-۲ مدلسازی مقایسهای
۱-۲-۲-۲-۲ سرور SWISS-MODEL
۲-۲-۲-۲-۲ مدلسازی با برنامه Modeller
۳-۲-۲-۲ مدلسازی براساس روش شناسایی تاخوردگی
۴-۲-۲-۲ شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS
۵-۲-۲-۲ تغییرات RMSD
۱-۵-۲-۲-۲اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer
۲-۴-۲-۲-۲اندازهگیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE
۳-۲-۲ پیشگویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین
۳-۲ مواد
۱-۳-۲ ترکیبات استفادهشده
۲-۳-۲ آنتی بیوتیک ها
۳-۳-۲ آنتیبادیهای اولیه
۴-۳-۲ آنتیبادیهای ثانویه
۵-۳-۲ باکتریها
۶-۳-۲ پلاسمیدها
۷-۳-۲ اولیگونوکلئوتیدها
۸-۳-۲ کیتهای آزمایشگاهی
۹-۳-۲ آنزیمها
۱۰-۳-۲ نشانگرها
۱۱-۳-۲ محلولها و بافرها
۱۲-۳-۲ محیطهای کشت
۱-۱۲-۳-۲ محیطهایکشت CFA آگار
۱۳-۳-۲ محلولهای مورد نیاز برای تهیه سلولهای باکتریایی مستعد
۱۴-۳-۲ محلولهای مورد نیاز به منظور نگهداری باکتریها
۴-۲ وسایل و دستگاهها
۵-۲ روشها
۱-۵-۲ کشت باکتری
۲-۵-۲ استخراج پلاسمید
۱-۲-۵-۲ استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی
۳-۵-۲ استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت
۴-۵-۲ بازیافت قطعات DNA از روی ژلآگارز با استفاده از کیت
۶-۵-۲ تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی
۱-۶-۵-۲ مستعد سازی باکتریها
۷-۵-۲ انتقال پلاسمید به درون باکتری
۸-۵-۲ واکنش زنجیرهای پلیمراز(Polymerase chain reaction, PCR)
۱-۸-۵-۲ SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR)
۱-۱٫ ۹-۵-۲ کلونینگ ژن جهش یافته cstHدر وکتورpBR322
۱۰-۵-۲ تائید صحت کلونهای واجد پلاسمید نوترکیب (Screening)
۱۱-۵-۲ بررسی پروتیئنها
۱-۱۱-۵-۲ استخراج پروتیئن پیلی از باکتری
۲-۱۱-۵-۲ سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford)
۱-۲-۱۱-۵-۲ رسم منحنی استاندارد پروتئین
۳-۱۱-۵-۲ وسترنبلاتینگ (Western Blotting)
۴-۱۱-۵-۲ لکهگذاری برای سلولهای باکتری
۱۲-۵-۲ رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس
۱۳-۵-۲ بررسی میزان جذب یون فلز
۱۴-۵-۲ ویژگیهای پلاسمیدهای استفادهشده در این مطالعه
۱۵-۵-۲ بررسی های آماری
فصل سوم: نتایج
۱-۳ نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی
۱-۱-۳ شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات
۲-۱-۳ آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیشگویی جایگاه مجاز در آن
۱-۲-۱-۳ شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف
۲-۲-۱-۳ تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها
۳-۲-۱-۳ سطوح قابل دسترس و اسیدهایآمینه سطحی
۴-۲-۱-۳ سطوح مشترک و اسیدهایآمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون
۵-۲-۱-۳ پیشگویی و تعیین ساختار دوم
۳-۱-۳ پیشگویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH
۴-۱-۳ مدلسازی پروتئینهای هیبرید
۲-۳ نتایج آزمایشگاهی
۱-۲-۳ ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم
۲-۲-۳ کلونینگ DNA زیرواحد اصلی(CstH) جهشیافته در وکتور کلونینگ
۱-۲-۲-۳ غربالگری کلونهای دارای پلاسمیدهای نوترکیب
۱-۱-۲-۲-۳ غربالگری با مقاومت آنتیبیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل
۲-۱-۲-۲-۳ غربالگری با PCR
۳-۱-۲-۲-۳ برش آنزیمی
۴-۱-۲-۲-۳ تعیین توالی ژنهایCstH::Cbm وCstH::Cbβm در کلونهای نوترکیب
۳-۲-۳ کلونینگ ژنهایcstH::cbm و cstH::cbβm در اپرون cst
۱-۳-۲-۳ غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و cst::cbbm
۱-۱-۳-۲-۳ تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی
۲-۱-۳-۲-۳ تائید کلونیگ با PCR
۴-۲-۳ بررسی بیان پیلیهای هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روشهای داتبلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین
۱-۴-۲-۳ دات بلاتینگ باکتری
۲-۴-۲-۳ وسترن بلاتینگ
۵-۲-۳ بررسی نمایش سطحی پیلیهای هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط رنگآمیزی ایمونوفلورسانس
۶-۲-۳ بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتریهای بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب
۱-۶-۲-۳ جذب کادمیم
۲-۶-۲-۳ اختصاصیت اتصال
فصل چهارم: بحث و نتیجه گیری
۱-۴ مزیت بیان سطحی بر سایر سیستمهای بیان پروتئین
۲-۴ کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن
۳-۴ مقایسه موتیفهای طراحیشده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتریهای نوترکیب ساختهشده در این پروژه با مطالعات پیشین
۴-۴ پیشنهادات
منابع
نقد و بررسی‌ها
هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.